註生娘娘的生平至今仍混淆不清，大抵可分為兩種說法。一說註生娘娘出自《封神傳》，為三仙島之雲霄、瓊霄、碧霄三姊妹，係龜靈聖母之門徒，曾以產盆練成「混元金斗」法寶，後因胞兄趙公明（玄壇元帥）命喪姜子牙之手，三姑為報兄仇，聯手投靠聞太師門下，日後並擺下黃河陣，使周營部將傷亡無數，幸得元始天尊破解陣仗，三仙姑與陣俱亡，姜子牙歸國封神時，命三仙姑掌混元金斗，凡天下蒼生落地從金斗轉劫。民便據此典故，奉三仙姑為「註生娘娘」立祀。或謂註生娘娘即臨水夫人陳靖姑，生於唐朝大曆年間，為福建古田縣臨水鄉水，係由觀音菩薩血滴所轉世投胎，及長，嫁劉杞，孕數月，逢大旱，受鄉民之託祈雨，因脫胎而亡，年廿四歲，臨終曾誓言救人產難，成神後屢顯幫助婦女安產，遂被民間奉為註生娘娘。其下有十二婆祖，各抱一嬰，六好六壞，以示生男育女賢與不肖，皆憑積善行德而論。
所請「不孝有三，無後為大」，在中國人重男女的傳統觀念下，求子嗣的殷切心情，帶動了「註生娘娘」的鼎盛香火，也因勢形成了特殊的民俗信仰習俗「移花換斗」及「栽花換斗」，前者係祈求註生娘娘變換胎兒性別，以滿足有兒有女的心願，後者則是久婚不孕者請求註生媽賜花降子，由這種信仰觀念衍生的神明尚有花公、花婆，職司看管花（嬰兒）的元神，並保佑嬰兒一切平安健康。
農曆三月廿日是註生娘娘的聖誕日，已婚婦女常於此日求嗣，或帶小孩前往祈祝，據說神前擺置的花簪、小鞋都有保佑小孩平安的作用，如果有幸得到註生媽賜筶准允攜回，他日要另製加倍奉還。